PRESIDENZA COPASIR
Nel 2008 Francesco Rutelli viene eletto all'unanimità presidente del Comitato per la Sicurezza della Repubblica, il COPASIR, responsabile del controllo sull’Intelligence italiana.
Redige e pubblica Rapporti sul Traffico di esseri umani, sulla sicurezza delle reti di comunicazione e, in particolare, la Relazione al Parlamento – primo documento prodotto in Italia a livello istituzionale (2010) - sulle Cyber-minacce a livello interno e globale. Nel suo impegno internazionale, ha presieduto per due Legislature il Comitato per i Diritti Umani presso la Camera dei Deputati. Ha conseguito un Diploma del Corso in Organizzazioni Internazionali presso la Società Italiana per l’Organizzazione Internazionale (SIOI). Ha presieduto la Commissione Politiche Urbane del Comitato delle Regioni a Bruxelles; è stato nominato Consigliere del Segretario Generale delle Nazioni Unite Boutros Ghali per lo sviluppo urbano. Partecipa alle iniziative di diversi organismi e think tank internazionali. E’ Cavaliere dell’Impero Britannico per nomina di Elisabetta II e Cavaliere di Gran Croce per nomina di Juan Carlos di Spagna. Nel gennaio 2010, Rutelli si dimette spontaneamente dalla presidenza del COPASIR, con un gesto non richiesto né dalle norme, né dalla prassi e che non è stato adottato dal suo successore, Massimo D'Alema che passò a far parte della maggioranza parlamentare con la formazione del Governo Monti, mentre lo statuto del COPASIR stabilisce che il presidente del comitato stesso debba essere uno dei "componenti appartenenti ai gruppi di opposizione".
IL CASO DE PALO
In seguito alla risonanza suscitata dal Convegno internazionale "Graziella e Italo/Una giornata per non dimenticare", l'11 settembre 2009, Rutelli convoca in audizione al COPASIR Giancarlo De Palo, che da 29 anni conduce con i propri familiari e quelli di Italo Toni, una battaglia civile per far luce sulla misteriosa scomparsa in Libano della sorella, la giornalista romana Graziella De Palo. I De Palo, nei mesi precedenti, avevano presentato un'istanza formale al premier Silvio Berlusconi per ottenere l'abolizione del segreto di Stato apposto sulla tragica vicenda nel 1984 dal suo predecessore Bettino Craxi. Rutelli, con una lettera sottoscritta all'unanimità da tutti i membri del Comitato, chiede allora ed ottiene da Berlusconi la desecretazione di tutta la documentazione in possesso dell'AISE sulla tragica scomparsa che non fosse direttamente attinente agli accordi stipulati in segreto dal SISMI con l'Organizzazione per la Liberazione della Palestina e che costituiscono il cosiddetto lodo Moro. Si tratta dell'unico caso nella storia italiana che abbia visto l'attuazione delle nuove norme sulla disciplina del segreto di Stato introdotte dall'ultimo governo di Romano Prodi con la legge 3 agosto 2007, n. 124, istitutiva dello stesso COPASIR.