In parlamento e al governo
Nel novembre 1975 Rutelli si è iscritto al Partito Radicale, divenendone nel 1979 Segretario di Roma e del Lazio e, nel 1980 (a 26 anni), Segretario Nazionale. Ha condotto molte iniziative a favore dei diritti civili e umani, della giustizia, dell’ambiente, promuovendo la cultura gandhiana della nonviolenza e la lotta contro la fame nel mondo e la malnutrizione. Tra le iniziative: si è fatto arrestare presso la centrale nucleare di Latina nell'estate 1981, al fine di ottenerne la chiusura; ha trascorso tre giorni in carcere; al termine di altre iniziative e di un referendum popolare, la centrale - insicura, secondo gli standard attuali - è stata definitivamente chiusa. Rutelli è stato pienamente prosciolto per il suo atto dimostrativo pacifico. A 29 anni, nel 1983, è eletto per la prima volta alla Camera dei Deputati. In occasione dei funerali del leader storico dei radicali, Marco Pannella, a Piazza Navona (maggio 2016) Rutelli ha ricordato i meriti storici per la democrazia italiana della vicenda del Partito Radicale, e la sua gratitudine per l'eccezionale esperienza politica e civile guidata da Pannella.Nel corso della sua lunga attività parlamentare (1983-2013) ha concorso a molti e diversi provvedimenti legislativi, di indirizzo e controllo: dai primi passi a Montecitorio, ottenendo il finanziamento di 600 miliardi di lire per l'informatizzazione della giustizia; sino alle più recenti norme anticrimine sulla Banca dati del DNA, o all'introduzione della "cedolare secca" per gli affitti. Ha svolto a più riprese la funzione di capogruppo parlamentare.
Per il suo impegno in materia ambientale, è stato eletto Coordinatore Nazionale dei Verdi italiani e in seguito leader del Gruppo parlamentare. Ambientalista riformatore, è stato nominato Ministro per l’Ambiente e le Aree Urbane del Governo Ciampi, per poi dimettersi dopo due giorni, nel 1993.
Designato alla guida della coalizione di centro-sinistra, L’Ulivo, ha sfidato nel 2001 Silvio Berlusconi nella corsa alla Presidenza del Consiglio. Durante la campagna elettorale “L’Ulivo per Rutelli” recuperò nei consensi ben dieci punti percentuali e ottenne oltre 16 milioni 400mila voti, perdendo la competizione elettorale per una differenza dell’1.4 %.
Il nuovo partito “La Margherita – Democrazia è Libertà” ottenne in quelle elezioni 5.4 milioni di voti. Rutelli ne è stato eletto Presidente, poi riconfermato nel 2004 e nel 2007.
Nel 2006 Rutelli è stato nominato Vice-Presidente del Consiglio dei Ministri e Ministro per i Beni e le Attività Culturali del governo Prodi, ricevendo anche la Delega per il Turismo, settore strategico di cui spesso si è occupato, specialmente per le politiche di sviluppo e competitività economica e di promozione del turismo culturale.
Quel governo portò il debito pubblico italiano al minimo storico degli ultimi 25 anni, sotto il 100% del PIL, e restituì credibilità all’Italia anche sui mercati internazionali (come indicatore, lo spread tra titoli di Stato italiani e Bund tedeschi era attorno a 30 punti). Come vicePremier e leader della Margherita, Rutelli ha promosso e fatto adottare politiche economiche e sociali innovative, quali la portabilità e rinegoziabilità dei mutui; la sensibile riduzione del "cuneo" fiscale per le imprese; la 'quattordicesima' per le pensioni più basse.
Rutelli è stato un deciso sostenitore della partecipazione dell’Italia negli impegni multilaterali deliberati dalla Comunità internazionale e nelle operazioni di peacekeeping e peace enforcing.Alle elezioni generali del 2006 La Margherita-DL ha eletto 120 parlamentari, ed ha quindi contribuito nel 2008, con forte impegno di Rutelli, alla nascita del Partito Democratico.
Nel 2009 Rutelli ha lasciato il partito per la prevalenza delle precedenti posizioni della sinistra, mantenendo tuttavia buone relazioni politiche e personali. A causa del comportamento dell'ex-tesoriere de La Margherita, la storia e i traguardi raggiunti dal partito sono stati per un breve periodo messi in ombra; ma subito gli inquirenti, e poi i giudici in primo e secondo grado ed infine presso la Corte di Cassazione hanno limpidamente stabilito che la Margherita è stata vittima dei reati di appropriazione indebita e Rutelli vittima di calunnia.
Con la sentenza definitiva, emessa nel Dicembre 2017, è stata ottenuta la confisca del maltolto, con la sua diretta attribuzione allo Stato Italiano; inoltre, sono stati donati dal partito al Ministero dell'Economia - una "prima" nella storia della politica italiana - ben 6,5 milioni di euro dal residuo attivo della Margherita.
La Margherita è stata riconosciuta come un’eccellente “scuola politica”: hanno partecipato infatti all'esperienza di questo partito alcuni tra i più autorevoli esponenti della politica e delle istituzioni democratiche.Tra di essi, il Presidente della Repubblica Sergio Mattarella.